Göran Schmidts hemsida

Om evolutionära nyheter

Lars Johan Erkell publicerade i december 2014 en artikel på den så kallade "Biolog(g)en" med rubriken "Om evolutionära nyheter".

Jag bemötte hans argument för en gradvis evolution av allt levande, varefter följande dialog utvecklades. Den kom att fortsätta längre än någon av oss nog hade trott och/eller önskat. Kanske (?) är den avslutad i och med mitt senaste inlägg nu i februari 2018. Vi får väl se hur det blir med den saken ;). Jag har valt att hänvisa till Erkells inlägg i form av länkar till Biolog(g)en mellan mina egna finns i form av löpande text (och pdf:er).

Erkells första inlägg hittar du här: här (extern länk i separat fönster).

Om evolutionära nyheter – en replik

Göran Schmidt december 2014

Lars Johan.

Du är fri att själv tro precis vad du vill om vad som helst, men när du missleder människor att tro att du har vetenskapligt stöd för dina uppfattningar känner jag att det dags att sätta ner foten. Därför har jag för avsikt att skärskåda dina påståenden i den här långa repliken.

Jag börjar med att tillämpa dina egna ordval (från tråden "Information och funktion"):

"Du målar upp en bild av en värld som skapats av en Designer sig själv som låtit sin skapande kraft i form av "information slumpmässiga kopieringsfel" strömma in de olika livsformerna och därmed gjort dem levande. En vacker bild. Kanske är den sann, jag kan aldrig bevisa övertyga dig om något annat. Och det vill jag inte heller – du får ha din tro i fred för mig.
Vad jag däremot vänder mig emot är att du propagerar för att din religiösa vision skulle ha vetenskapligt innehåll, och rent av vetenskapligt stöd. Du hänger upp argumentationen på en sorts " information reduktionism" som du ser som helt självklar. Det är den inte. I föregående inlägg har jag påpekat att den här sortens information reduktionism är både odefinierad obevisad och omätbar orimlig. Så även om den i någon mening skulle kunna finnas, kan man inte utgå från den i vetenskapliga sammanhang. För det krävs en tydlig definition, till att börja med." (De understrukna orden är utbytta av mig).

Du uttrycker din reduktionism på ett antal olika sätt:

För det första hävdar du att de informationssystem som kodar för livets svindlande mångfald, och vars komplexitet forskningen ständigt finner nya dimensioner av "troligen" är en illusion.

För det andra menar du det vara en falsk analogi – ja en illusion – att de komplexa molekylära maskiner som möjliggör produktionen och transporten av alla de hundratusentals substanser som bygger upp levande organismer – och som fått sitt namn därefter (t ex "motorproteiner") – skulle kunna liknas vid intelligent designade maskiner i makrovärlden. Du motiverar det med att mikrovärldens maskiner vibrerar under det att de utför sina uppgifter (se tråden om molekylära maskiner).

För det tredje verkar du mena att det egentligen är en illusion att den levande världens myriader av strukturer och funktioner skulle behöva ha uppkommit över huvud taget. Enligt dig skulle de praktiskt taget alltid ha funnits, fast i lite lägre "dos" genom små banala modifieringar över långa tidsrymder.

För det fjärde menar du att det bara är en illusion att livets proteiner skulle vara särskilt unika sett över ett evolutionärt tidsperspektiv, utan skulle ha utvecklats via små modifikationer från en biokemisk funktion till en annan i långa oavbrutna sekvenser.

Du brukar motivera din reduktionism med att man "riskerar att hamna vilse" om man litar till sin vardagsintuition när man betraktar naturen.

Jag kommer nu att granska dina påståenden och se om de är berättigade utifrån modern forskning.

***

Den första punkten strider mot den kanske främsta grundprincipen inom vetenskapligt tänkande – nämligen lagen om orsak och verkan. Den information i DNA som kodar för monteringen av en människa måste till sin natur vara mer komplex än någon instruktionsbok eller något lexikon eller programvara som hennes hjärna själv producerat. Varje orsak måste i någon mening vara större än dess verkan. Det gäller kanelbullar och skulpturer, så varför inte människor och andra levande varelser? Du tror att principen inte är tillämpbar på levande varelser, att det är en falsk analogi och att intuitionen leder oss vilse, ytterst för att du anser att den levande världens komplexitet är en mänsklig illusion, men dina argument för det håller inte måttet (för en närmare utläggning om den saken – se de båda trådarna Biologisk information – vad är det? respektive Information och funktion).

För det andra - både i makro- och mikrovärlden består maskiner (motorer) av specifika komponenter, som under energiomvandling utför specifika uppgifter för specifika syften. Den amerikanske biokemisten Bruce Alberts skrev redan 1998:

"Why do we call the large protein assemblies that underlie cell function machines? Precisely because, like the machines invented by humans to deal efficiently with the macroscopic world, these protein assemblies contain highly coordinated moving parts." ^[1]

Det är överflödigt att påpeka att antalet upptäckta molekylära maskiner ökat markant sedan Alberts konstaterande detta. Ett enskilt forskningsprojekt från 2006 rapporterade t ex 250 nya maskiner i vanlig bagerijäst! ^[2]
Ett annat fascinerande exempel återfinns hos vanliga loppor. ^[3]

I en fabrik i makrovärlden med CAD-CAM-tillverkning av konstruktionsdetaljer finns en central server med detaljerad information om material, dimensioner och annan kritisk information om tillverkningsprocessen. Delar av denna information översätts till maskinkod som styr robotarna under processen och den följande produktkontrollen i enlighet med kundernas behov.

I den levande cellen finns all information samlad i cellkärnan i form av DNA. Den översätts till en dialekt av ursprungskoden (RNA) som förser ribosomerna (proteintillverkningsmaskinerna) med instruktioner via ytterligare en programkod för monteringen av specifika proteinmolekyler, som därefter slutbehandlas i speciella mognadsstationer (chaperoniner) för att kunna utföra sina uppgifter i enlighet med organismens behov.

Denna analogi kunde utmålas betydligt utförligare än ovan, men det skulle ta för mycket utrymme i anspråk. För att kunna hävda att analogin inte gäller måste det till kraftfullare argument än att mindre objekt råkar vibrera förhållandevis kraftigare än större, och att de större objekten är fastare i konsistensen.

Ditt tredje påstående motiverar du med fiktiva evolutionsscenarior och med att du likt Darwin "inte känner till något exempel på någon struktur som omöjligen skulle kunnat evolveras ". Och du har helt rätt när du skriver i slutet av din essä att "Om nu livet utvecklats steg för steg i en evolutionär process är detta vad vi skulle vänta oss." med hänvisning till att naturens strukturer och funktioner skulle förklaras genom gradvisa modifieringar.

Men frågan är om det inte bara är genom filtret i dina materialistiska glasögon som verkligheten ter sig på det sättet. Den frågan måste vi problematisera:

Ett sätt att testa din idé empiriskt är att utgå från en struktur i den levande världen. Låt oss ta bakteriens flagellmotor eller ATP-syntasmotorn eller blodlevringsprocessen hos människan som exempel, eftersom de är väl studerade. Ett effektivt sätt att pröva om dessa strukturer uppkommit genom små, stegvisa processer är att successivt avlägsna små detaljer i deras konstruktion eller genom att mutera programvaran som kodar för dem, och undersöka i vilken mån strukturerna bibehåller sin funktion och organismens fitness eller inte. Om funktionen behålls men i något lägre grad skulle det vara ett stöd för din tes. Om funktionen däremot försämras drastiskt eller helt omintetgörs skulle det vara ett argument för design. I vilken riktning pekar empirisk forskning?

Andra intressanta exempel är hur könen uppstod eller hur proteinsyntesen uppstod, eller fjädrar från kräldjursfjäll. Möjligen har du trovärdiga och detaljerade fossila bevis eller teoretiska modeller för hur den typen av företeelser har uppkommit, eller så vilar din övertygelse på någonting annat. I det senare fallet fall är det ärligare att säga det uttryckligt!

Beträffande din "primitiva" fladdermus Onychonycteris finneyi så läste du av någon anledning selektivt. I länken framgår att slutsatserna är ifrågasatta på grund av att det handlar om ett så kallat "pannkaksfossil", d v s ett tillplattat och därigenom förvridet fossil som gör det vanskligt att dra några säkrare slutsatser. Dessutom saknar de nu levande fruktätande fladdermössen i Nya världen ekolokalisationsförmåga. Hur kan du vara så säker på att Onychonycteris inte var en fruktätande fladdermus? Hur kommer det sig att du är så selektivt okritisk?

När det gäller pingvinens vinge drar du slutsatsen: "Kroppsdelar kan alltså förändra sin struktur och funktion utan att beståndsdelarna förändras." och "… i cellerna finns samma proteiner som tidigare." (mina understrykningar). Men vänta ett ögonblick! – Båda dina uttalande bygger på ett försanthållande av evolutionen, och du nämner dem som stöd för samma evolution. Ett klassiskt evolutionärt cirkelresonemang, eller hur? Jag vet ju att du är helt övertygad om evolutionen som ett faktum, så det kanske inte är så konstigt, men argumentationsmässigt tillför den typen av argument ingenting till sakfrågan, det blir bara ännu en proklamation av den evolutionära trosbekännelsen.

Jag läste i somras Rudyard Kiplings fabler om hur igelkotten fick sitt skal, igelkotten sina taggar och elefanten sin snabel. De påminner misstänkt mycket om dina evolutionära berättelser om flaxande berghönor och hypotetiska fjäderbeklädda dinosaurier (visa mig en enda bild på ett av en dinosauriefossil med otvetydiga fjäderavtryck så kan du bortse från det där sista). Sådana berättelser är lätta att hitta på och berätta, men mindre lätta att finna empiriska belägg för. Men kan du visa upp sådana är jag absolut beredd att lyssna och lära. För det är en sak att berghönor flaxar i uppförsbackarna idag och faktiskt en helt annan att detta skulle vara en övergångsform mellan icke-flygande och flygande fåglar en gång i det avlägset förgångna. Såvida du inte tar till samma form av cirkelresonemang som ovan. Men som sagt – har du fossila belägg för din hypotes så är jag idel öra.

Egentligen är det förvånande att evolutionsföreträdare behöver ta till den här sortens spekulativa berättelser. Det finns ju trots allt ett facit som ligger i öppen dager för alla – fossilernas arkiv baserat på mer än 150 år av intensivt fossilletande! Min fråga till dig, Lars Johan, blir därför: Ger de fossila arkiven stöd för din (och många andras) idé om en evolution genom små modifikationer? Ge oss i så fall några tillförlitliga referenser på detta!

Och till sist – ditt fjärde påstående – att proteiner skulle ha utvecklats via små modifikationer.
Först angående den påstådda utvecklingen av rhodopsin - Du skriver: "…en viss mutation gör att just opsiner binder retinaldehyd". Den empiriska bakgrund du sannolikt stödjer dig på är att en viss mutation förorsakar att opsiner inte längre förmår binda retinaldehyd. Det kanske för dig låter snarlikt, men skenet bedrar. En drastisk förlust av funktion på grund av en enstaka mutation kan inte utan vidare tas som intäkt för att det omvända ligger inom ramen för det möjliga, utan att göra våld på statistikens lagar. Anledningen är att det finns ofantligt många fler sätt att förstöra en programvara på än det finns att förbättra den på – jämför med hur många buggar i ett datorprogram som förbättrar prestandan respektive försämrar den.

Du föreställer dig en biokemisk värld som påminner om Kosterskärgården med många holmar och otaliga skär dem emellan. För att komma från en holme (biokemisk funktion) till en annan behöver man i din värld bara kliva från skär till skär några gånger och så är man uppe på nästa funktionella holme. Men en sådan fiktiv "arkipelag" har ingen som helst motsvarighet i biokemins värld, och bygger – hur vanlig den än må vara i den vetenskapliga litteraturen – på okunskap.

Orsaken är att man inte förstått den höga grad av specificitet som erfordras för att en kedja av aminosyror ska kunna vara bärare av en biologisk funktion. Knäckfrågan i sammanhanget är hur stor andel av den totala mängden tänkbara aminosyrasekvenser av en viss längd som är funktionella i förhållande till de som inte är det. Är den andelen en på hundra, en på tusen eller en på miljonen? Svaret på det är av avgörande betydelse när det gäller att avgöra hur långt det är mellan skären och holmarna i biokemins övärld.

Dessbättre finns det empirisk forskning inom området. Redan i slutet av 80-talet gjorde Robert Sauer, biokemist på MIT, försök med så kallad "kassett-mutagenes" i syfte att avgöra hur mycket variation aminosyror i olika positioner längs aminosyrakedjor med en längd på cirka 100 aminosyrarester kunde tolerera utan att kedjans stabilitet och därmed proteinets funktion drastiskt försämrades. ^[4] Resultatet visade på att andelen stabila till icke-stabila aminosyrasekvenser är svindlande 1/10⁶³. Försöken upprepades och utvecklades av Douglas Axe i början av 2000-talet^[5], men då med sekvenser med 150 aminosyrarester. Resultat: 1/10⁷⁴.

Dessa tal är så höga att de knappast går att föreställa sig. Det motsvarar att hitta en specifik atom bland en miljard vintergator! Anta att vi i kraft av en kosmisk lyckoträff verkligen skulle påträffa vår lilla proteinmolekyl - märk då att den enda egenskap denna molekyl äger är att den är stabil, vilket utgör grundförutsättningen för att den ska kunna bära en funktion över huvud taget. Hur stor är sannolikheten då att hitta en proteinmolekyl med funktion bland alla tänkbara stabila proteiner? – Det har vi mig veterligen inget svar på ännu.

Vad värre är – dessa uppskattningar tar ingen hänsyn till att aminosyrorna för att vara biologiskt relevanta måste knytas samman med just peptidbindning eller att bara ena isomeren (i allt levande levoformen - vänstra spegelbildsvarianten) av aminosyrorna är tillåten för att stabilitet ska vara möjlig. Jag skulle kunna återge oddsen för att ett sådant protein skulle kunna uppstå spontant ur en racemisk blandning av aminosyror, men då skulle jag genast bli beskylld för att räkna på det oräkneliga, så jag avstår. Sådana beräkningar är lätta att både finna och göra om man vill.

Vi kan nöja oss med att konstatera att hela det här resonemanget har gått ut på att bedöma om det är sannolikt att slumpmässiga processer kan åstadkomma en enda enskild proteinmolekyl. Den enklaste organism vi känner till (Mycoplasma genitalium) är uppbyggd av hundratals andra specifika sådana i komplext samspel med andra substanser (som t ex DNA och ytterligare många andra).

Slutsatsen kan bara bli en enda: Lars Johan Erkells hypotetiska evolutionära hoppande från skär till skär på väg till nästa holme visar sig vara en vision utan verklighetsanknytning. I den verkliga kemiska världen är de funktionella holmarna belägna på ljusårs avstånd från varandra i en oändlig ocean av subfunktionalitet, minskad fitness och därmed bortselektion. En steg-för-steg-utveckling av olika funktionella proteiner måste därför anses vara empiriskt motbevisad, och det med besked. I varje fall till dess att nya revolutionerande fakta tillkommer.

Avslutning

Lars Johan Erkell har försökt att övertyga oss om att den levande världen vittnar om långsamma gradvisa övergångar mellan kemiska ämnen^[6], funktioner, strukturer och egenskaper. I sin artikel målar han upp åtminstone fyra fenomen i vår värld som han betraktar som illusioner. Dessvärre motiverar han dem med påståenden om falska analogier, med evolutionärt baserat historieberättande, selektivt faktaurval och cirkelresonemang, som alla vid en detaljgranskning visar sig bygga på uppenbara missförstånd. Det är därför relevant att hävda att Erkells bild av verkligheten inte bygger på vetenskap utan på någonting annat, av allt att döma en materialistisk filosofi.

Hur ska forskare som vägrar titta ut ur sin metodologiska materialism kunna rädda sig ur den här situationen? Jag ser bara ett tänkbart materialistiskt scenario. Det handlar om biokemisk predestination. Det finns redan tendenser till "vetenskapliga" hypoteser som bygger på att materien skulle äga förmåga till självorganisation. Kanske skulle det bli en gemensam samlingsplats för materialister och deister som delar tron på en materia med inneboende förmåga att av naturen bilda livets komplexa strukturer. Det skulle i så fall visa sig vara den yttersta reträttplatsen för människor som inte vill veta av en personlig Designer/Gud.

Av den, men bara just den, anledningen väljer också jag att avsluta med ett bibelord, vilket jag aldrig annars gör i naturvetenskapliga sammanhang:

"Ända från världens skapelse ses och uppfattas (Guds) osynliga egenskaper, hans eviga makt och gudomliga natur genom de verk som han har skapat. Därför är de utan ursäkt… De bytte ut Guds sanning mot lögnen och tog sig för att dyrka och tjäna det skapade i stället för Skaparen, han som är välsignad i evigheter, amen." (Rom 1:20,25)

Fotnot

[1]  Bruce Alberts,”The Cell as a Collection of Protein Machines: Preparing the Next Generation of Molecular Biologists”, Cell, 8 feb 1998, s. 291   [Tillbaka till texten]

[2]  http://www.sciencedaily.com/releases/2006/01/060123121832.htm (hämtad 20141231)   [Tillbaka till texten]

[3]  http://www.smithsonianmag.com/science-nature/this-insect-has-the-only-mechanical-gears-ever-found-in-nature-6480908/?no-ist=   [Tillbaka till texten]

[4]  Reidhaar-Olson and Sauer, "Functionally Acceptable Substitutions", Proteins: Structure, Function and Genetics 7 (1990): 306-16 resp. Bowie and Sauer, "Identifying the Determinants of Folding and Activity", Proceedings of the National Academy of Sciences USA 86 (1989): 2152-56. (Det bör påpekas att forskarna själva inte tycks ha uppmärksammat konsekvenserna av sin egen upptäckt).   [Tillbaka till texten]

[5]  Axe, "Estimating the Prevalence of Protein Sequences", Journal of Molecular Biology, 341 (2004): 1295-315   [Tillbaka till texten]

[6]  Men givetvis är alla ämnen "kemiska"!   [Tillbaka till texten]

Erkells andra inlägg hittar du här: här (extern länk i separat fönster).

Om evolutionära nyheter – en andra replik

Göran Schmidt februari 2015

Lars Johan

"…du påstår alltså nu att det etablerade vetenskapssamhället inte sysslar med vetenskap."

Inte alls. Du inser säkert att jag inte vänder mig mot reduktionismen som arbetsprincip inom naturvetenskapligt arbete. Men den reduktionism som du ger uttryck för blir inte mindre extrem för att det är någon annan som kommit med idén och att ni kanske är många som anser den förträfflig. Den illustrerar hur märkliga och anti-intuitiva slutsatser det kan leda till när man till varje pris måste tvinga in verkligheten i en försanthållen strängt materialistisk ram. Att en vetenskap som utgår från att det inte finns någon Gud som har med verkligheten och den här världen att göra, förkastar en biblisk skapelsesyn är heller knappast förvånande. Det är ju just denna centrala fråga som är orsaken till våra meningsskiljaktigheter ifråga om ursprungsfrågan. Men inte om vetenskap i stort, och inte heller i fråga om faktiska vetenskapliga observationer. De senare stämmer bättre överens med designteorin, som helt riktigt inte är lika etablerad som den materialistiska. ännu.

Att du ser "DNA, RNA och proteinernas aminosyrasekvenser" som "reella" har jag aldrig ifrågasatt. Däremot verkar du inte vilja kännas vid att de till funktionen representerar komplexa informationssystem. Den frågan hänger fortfarande i luften.

Däremot inser jag att det var en ogenomtänkt formulering av mig att hänvisa till lagen om orsak och verkan som en generell vetenskaplig princip. Det jag hade i tankarna när jag formulerade mig var att det människor (eller djur) kan producera inte kan jämföras med den komplexitet som vi (de) själva äger, vare sig det handlar om datorer eller getingbon. Det är naturligtvis så att en granat i en jumbojet inte ska anses som en "större orsak" än de miljoner vrakdelar spridda över tundran som blir dess verkan.

"Både evolution och medveten design är processer som kan leda till funktionalitet, men på olika sätt".

Skillnaden är att det sistnämnda är bevisat utom allt tvivel, men att det första är och förblir en försanthållen men obevisad materialistisk hypotes. Det är just denna hypotes utgör knäckfrågan, och det är därför märkligt att du använder den som en premiss i diskussionen med mig. Din formulering illustrerar din materialistiska övertygelse, men tillför absolut ingenting till sakfrågan.

Ditt försök att avfärda analogier med hjälp av exemplet med mullvadshögar missar målet fullständigt. Anledningen är att det finns oändligt många andra processer vid sidan av de du nämner som också kan resultera i liknande formationer av material. Därför finns det ingen anledning att postulera någon analogi i det fallet. När det däremot gäller komplexa och specifika företeelser i likhet med meningsfull information som leder till ändamålsenliga strukturer och funktioner, existerar det ingen annan av vetenskapen känd orsak än just medveten intelligens. I det fallet är en analogi högst relevant. Den blir irrelevant först när en eller flera andra orsaker kan bevisas åstadkomma samma resultat, som i exemplet med dina mullvadar. Sanningen är nog snarare att du betraktar analogin som irrelevant därför att den strider mot din förutfattade materialistiska grundinställning. Jag återkommer till frågan om analogier i en annan replik.

Ditt förlitande på materialistiska förklaringar förefaller lika stark som vilken annan fundamentalistisk inriktning som helst. Du är övertygad om att de myriader av små skär (mikroevolutionära steg) som evolutionen skuttat på i oceanen på väg från den ena funktionella ön (strukturen/funktionen) till den andra av någon anledning spårlöst har sjunkit under ytan. Visst skulle det kunna vara så, men problemet är att det saknas empiriska belägg för det. Utan sådana kan du och dina trosfränder tro vad ni vill, men ni bör använda en korrekt benämning – ännu en obevisad materialistiskt motiverad hypotes.

" …att de första fladdermössen högst sannolikt redan hade två förmågor som, om de kombinerades, kunde ge upphov till ekolokalisation. Och att den förmågan högst sannolikt skulle vara av stort värde."

OBS:

"… högst sannolikt … om de kombinerades … kunde ge upphov till … högst sannolikt …"

Jag uppskattar din ärlighet när du formulerar dig, men återigen – ja, under förutsättning att evolutionen verkligen vore en sann beskrivning av verkligheten så skulle din berättelse vara relevant. Men eftersom det är just den saken frågan gäller, så är det du presenterar varken mer eller mindre än tomma spekulationer som det står var och en fritt att sätta tilltro till. Men en tro som vilar på just spekulation och inte vetande.

"Grundfrågan är om man anser att pingviner är fåglar eller inte".

Vem har ifrågasatt det? Varken du eller Linné eller jag. Men av oss tre är det bara du som tar för givet att en vanlig fågel utvecklats genom mikroevolutionära förändringar till en pingvin. Jag känner inte till något vetenskapligt belägg för den omvandlingen. Och det lär inte du heller göra.

"…fossilfynd är så slumpartade och ofullständiga att det inte finns några sådana serier".

Både du, Benton och Pearson pekar på det obestridliga faktum att det dominerande mönstret i fossilernas arkiv är att "högre" organismer uppträder plötsligt och förblir praktiskt taget oförändrade upp genom berglagren tills de antingen försvinner spårlöst eller lever kvar i all välmåga in i modern tid. Detta mönster menar du/ni orsakas av att fossilernas arkiv är ofullständigt. Det är ännu en gång en försanthållen evolutionär hypotes och ingenting mer.

Det är också ett faktum att fossilerna visar på mikroevolutionära förändringar hos marina plankton som "…förefaller visa på gradvis artbildning." (min understrykning). Både författarna och du vet att artbestämning är mycket vanskligt utifrån utseendemässiga kriterier även hos betydligt större varelser, och i all synnerhet för marina plankton. Plankton kan uppvisa omvälvande skillnader i morfologi (utseende) beroende på miljöfaktorer som exempelvis temperatur och näringstillgång.

Och någonstans bör även den mest övertygade evolutionist kunna lyfta sin blick och konstatera att världshaven i skrivande stund vimlar av både radiolarier och foraminiferer som i stora drag bibehållit sina kännetecken in i våra dagar. Det är ju uppenbart för alla – varför skulle man annars klassificera dem just som sådana?

Du borde veta vid det här laget att det som brukar kallas mikroevolutionära förändringar är ett fullständigt okontroversiellt fenomen i den här debatten. Vi ser denna typ av förändringar runt omkring oss i naturen ständigt och jämt. Att det även gäller i fossilernas arkiv är därför inte ett dugg förvånande. Motsatsen, däremot, hade varit ett mysterium. Levande organismer, stora som små, är plastiska och anpassningsbara på grund av att de är utrustade med en genetisk information som möjliggör just detta. Den centrala frågan är hur dessa program en gång uppstod. Där skiljer sig våra uppfattningar ät.

Du påstår:

"Du har uppenbarligen inte läst det jag skrivit eller den referens jag gav. Där framgår tvärtom att förmågan att binda retinaldehyd uppkommer genom en mutation till lysin i position 296. Jag vet att detta bryter mot ditt tankeschema – där måste alla mutationer innebära någon sorts degeneration. Men så är det inte."

Din tvärsäkra slutkläm är bara tom retorik. Det skulle hypotetiskt kunna vara så att en punktmutation leder till ökad specificitet hos ett enzym, men det återstår att visa empiriskt, och sannolikheten för att det skulle ske är försvinnande liten. Även om detta i jämförelse med sannolikheten för att bilda en stabil proteinstruktur att utgå från närmast vore att likna vid en nödvändighet – sannolikheten att detta skulle ske är, som jag förklarat, så astronomiskt liten att det trotsar all beskrivning.

"Sedan gör du ett av de vanligaste misstagen man ser i kreationistlitteraturen. Du räknar ut sannolikheten för att ett protein med en viss sekvens av aminosyror skulle uppkomma i ett slag, av en slump."

Helt fel Lars Johan. Du underblåser en myt. Jag har aldrig diskuterat "en viss sekvens av aminosyror". Jag refererar till empiriska forskningsresultat som bygger på Reidhaar-Olson och Sauers arbete "Functionally Acceptable Substitutions" (du har referensen i mitt föregående inlägg), och ingenting annat. Jag kan inte rå för att verkligheten ser ut som den gör, men jag har förståelse för om du önskar att den vore annorlunda.

Som du kanske läste i mitt förra svar utgick jag från att det låg empiriska mutationsförsök bakom påståendet att en enda utbytt aminosyra resulterat i förmågan att binda retinaldehyd i fotoreceptorerna. Jag ska villigt erkänna att jag bara hade skummat igenom den 119-(!)sidiga rapporten. När jag nu läst den lite noggrannare kan jag konstatera att jag varit alltför godtrogen. Sanningen är att hela idén är ännu en ett exempel på evolutionär berättarkonst: "…summary of the main events hypothesized to have contributed to…", (min understrykning) utan annat underlag än jämförande studier av nu levande organismer. Studien avser att bevisa evolutionära händelser men bygger på evolutionens faktum som förutsättning. Jag vet mycket väl att både du och artikelförfattarna är helt övertygade om den saken, men det förändrar inte det faktum att det är ännu ett av dessa ideliga evolutionära cirkelresonemang.

Den läsare som tror att den rapport du hänvisar till förklarar någonting av betydelse bör emellertid lyfta blicken från detaljnivån. För stirrar man ständigt i luppen går man snart på både pumpar och lyktstolpar i brist på perspektiv. Läs t ex en förenklad version av hur synen fungerar här.

" …Discovery Institute. Där hävdar man att funktionella proteinsekvenser är oerhört sällsynta, och att vägen från en funktionell sekvens till en annan kräver så många mutationer att den är orimlig. Men det där är alldeles uppåt väggarna tokigt."

Du formulerar dig utifrån okunnighet. Jag kan bara tolka det som att du inte ens har brytt dig om att sätta dig in i frågan. Den här frågan är så viktig att jag måste utveckla den:

För det första: Om man över huvud taget ska kunna utföra experiment där man muterar enzymer för att undersöka deras förändrade katalytiska egenskaper, så måste man ha ett enzym att utgå ifrån. Det är här de sannolikhetsberäkningar jag refererade till kommer in i bilden. Ur statistisk synpunkt är det helt enkelt otänkbart att ett sådant skulle kunna ha uppkommit utan intelligent guidning, d v s antingen via de informationsrika system som möjliggör en målinriktad syntes inne i en redan existerande levande cell, eller via en intelligent designer (kemiteknikern) eller – ytterst – den intelligente Designern. I praktiken är kemiteknikern inte särskilt aktuell i just detta sammanhang, eftersom vi med all vår samlade kemitekniska kompetens inte kan designa proteinkedjor över ungefär 300 aminosyrarester - många livsviktiga enzymer har tusentals. Det hela är analogt med Avidaprogrammet med vars hjälp man kan "simulera" mutationer och selektion. Men bara tack vare intelligent konstruerade hård- och mjukvaror och den stora mängden komplex och specifik information som möjliggör dess funktion.

För det andra: I analogin med de funktionella öarna åtskilda i en ocean av icke-funktion så är det öarna som ligger oerhört långt ifrån varandra. Jag har aldrig sagt att det inte skulle kunna finnas ett antal små skär nära varandra i anslutning till öarna. Det är inte detta som är utmaningen för evolutionsteorin. Utmaningen ligger i att avståndet mellan olika klasser av proteiner är astronomiskt gentemot vad ni evolutionister tycks föreställa er.

För det tredje: Ditt första exempel med enzymet som efter mutagenes och selektion leder till en "ny funktion" utgör en illustration av föregående punkt. Det handlar om ett skutt från ön ut till ett närliggande skär. Men hoppet innebär en förlust av information. Om resultatet av en mutation resulterar i att ett enzym breddar sin substratrepertoar så är det ett tydligt bevis på att information gått förlorad. Den positiva korrelationen mellan informationsinnehåll och graden av specificitet är uppenbar och en så generell princip att den egentligen inte behöver någon närmare utläggning, men jag citerar mig själv från min webbsida:

"Om jag ber min son gå en i en butik och köpa te, så behöver jag inte använda särskilt många ord (informationsenheter). Det räcker att jag säger till honom: - Köp te! Om jag däremot vill ha tepåsar med Earl Grey av märket Twinings i 250-gramsförpackning, är min begäran mer specifik och kräver därför en betydligt längre specifikation – mer instruktioner = information."

I det första fallet du refererar till läser jag följande i forskningsrapporten:

"Using random mutagenesis and selection, we generated several HisA variants that catalyze the TrpF reaction … and one of these variants retained significant HisA activity."

Med andra ord – från att ursprungligen endast kunnat katalysera syntes av aminosyran histidin så kan enzymet efter mutation och selektion även katalysera syntesen av tryptofan, Att både ursprungsenzymet och det muterade enzymet tillhör samma "ö" är ställt utom allt tvivel: De tillhör en och samma mycket fascinerande klass av proteiner som vittnar om Designerns visdom i allra högsta grad. Tack för en utmärkt illustration av en grundläggande princip.

Även ditt andra exempel behandlar enzymer belägna på samma ö. Artikeln du refererar till behandlar ett större antal exempel där man med hjälp av kemisk ingenjörskonst har förändrat enzymer så att de får en "ökad lösaktig aktivitet", d v s deras specificitet (informationsinnehåll) minskar och substratrepertoaren ökar precis som i ditt första exempel.

Du kan försäkra dig om att det stämmer genom att extrapolera de här försöken så att de i stället för att katalysera ett eller ett fåtal reaktioner muterar till att katalysera hundratusentals olika kemiska reaktioner. En sådan ospecifik substans i en levande cell skulle ögonblickligen leda till cellens död. Eller annorlunda uttryckt - tusentals olika specifika enzymer tillsammans i en svindlande synkroniserad orkester är orsaken till att vi finns till. Det finns åtskilliga exempel inom medicinen på vilka dramatiska konsekvenser det leder till om ett enda av dessa enzymer mister sin avsedda funktion.

Dina exempel illustrerar därför raka motsatsen till vad du påstår. Jag ser verkligen fram mot att granska ditt kommande inlägg i den här frågan. Ha gärna mina synpunkter i bakhuvudet när du skriver så slipper jag upprepa mig.

"Man tänker sig en evolutionär process där en kortare peptidkedja med katalytisk aktivitet undan för undan förlängs och får bättre katalytiska egenskaper. För att en sådan process skall komma igång krävs förstås att det finns en katalytisk aktivitet att börja med, och det finns det – till och med enstaka aminosyror kan katalysera kemiska reaktioner. Jag har skrivit om saken…"

Det du skriver är ingenting annat än ännu en förhoppningsfullt evolutionär (ut)saga à la Rudyard Kipling. Den är lika omöjlig att bevisa som att vederlägga eftersom du inte refererar till några som helst empiriska källor för din "förlängningsprocess".

Du avslutade din första replik med ett bibelord. Varför? Det gjorde jag också. What´s the point? Håll dig till sakfrågorna och lägg bort dina ideliga "argumentum ad hominem". Det gynnar inte sakfrågan.

Allra sist då frågan om de befjädrade dinosaurierna. Trots att det inte är uteslutet att det skulle kunna ha existerat sådana varelser, samt givetvis att dina bilder antyder det, så väljer jag att förhålla mig avvaktande och lätt skeptisk till dem till dess att äktheten är ställd utom tvivel. Detta sagt med Archeoraptorfalsariet härom året i åtanke. Det finns mycket pengar i omlopp i fossilfejkarbranchen, inte minst i Kina tycks det… (Hecht J. "F is for fake", New Scientist 165(2226):12, 19 feb, 2000. Finns refererad här).
Och därtill en god portion evolutionärt önsketänkande och prestige i bakgrunden. Men, som sagt, jag lämnar frågan öppen ett slag - framtiden får visa hur det är med den här saken.

Erkells tredje och avslutande (?) inlägg från februari 2017 hittar du här (extern länk i separat fönster).

Om evolutionära nyheter – en tredje och kanske (?) sista replik

Göran Schmidt februari 2018

Att Erkell väljer att upprepa vissa saker många gånger beror på att han har svårt att tillstå möjligheten av ett designat universum. Och därvid är hans religiösa tro eller frånvaron av sådan irrelevant i sammanhanget.

Det är ett faktum att universum och livet på jorden existerar och går att undersöka med vetenskapliga metoder och med metodologisk materialism som princip.

Det finns åtminstone två möjligheter. Skulle det finnas fler så renodlar vi dem för sammanhangets skull till följande: Antingen finns det en Designer bakom allt, eller så finns det ingen Designer. Det första alternativet förklarar universums uppkomst med en Gudomlig skapelseakt

I det första fallet är det en rimlig förväntan att skapelsen avspeglar Skaparens intellekt och egenskaper i olika bemärkelser, t ex i form av strukturer och organisation som inte går att förklara på annat sätt än en intelligent aktivitet. Den metodologiska materialismen inklusive reduktionistiska arbetsmetoder har visat sig vara en användbar strategi för att lära känna skapelsen. Men metoden kan förväntas ge inget eller magert resultat när den tillämpas på förlopp som aldrig ägt rum, som t ex livets spontana uppkomst eller livsformernas evolution genom slump och selektion eftersom skapelseprocessen som sådan är en akt som inbegriper icke-materiella dimensioner som intelligens och makt att skapa Ex Nihilo.

I det andra fallet har skapelsen blivit till av sig själv och det finns ingen anledning att förvänta sig några designmarkörer, utan i stället tecken på planlöshet och slumpprocesser. I den mån det förekommer organisation i skapelsen bör denna rimligen gå att hänföra till självorganiserande principer. Den metodologiska materialismen och reduktionistiska arbetsmetoder saknar begränsningar och metoden kan förväntas ge rikt resultat oberoende om studierna gäller livets spontana uppkomst eller befintliga livsformer eller deras gradvisa uppkomst.

En teistisk evolutionists ståndpunkt sammanfaller i alla praktiska avseenden med det andra alternativet, med det tillägget att personen väljer att tillskriva åtminstone vissa av de inblandade processerna, som t ex universums tillblivelse och livets uppkomst och utveckling, någon form av inflytande som emellertid inte förväntas vara detekterbart. Av denna anledning tillhör den teistiska evolutionisten ingen tredje kategori. Anledningen till att du och dina troende kollegor ”jobbar tillsammans i fullständig harmoni” förklaras antingen av att kollegorna är anhängare av en teologi som ger utrymme för evolutionen som Guds skapelsemetod eller av att de döljer sin evolutionskritiska hållning för att fortsätta utvecklas i sin akademiska karriär.

Vilken av ståndpunkt 1 eller 2 som är mest relevant kommer att kunna bedömas utifrån huruvida tillämpningen av den metodologiska materialismen antingen:

1. (i händelse av det kan verifieras att den levande världen är organiserad) verifierar eller misslyckas med att verifiera att livets organisation kan uppstå enbart i kraft av slumpen och naturens lagar.

2. resulterar i ett rikt eller magert resultat vid studier av livets ursprung och livets evolution.

Dagens resultat inom område 1 är mig veterligen begränsat till områden som dissipativa strukturer och kristallbildning inom fysik och kemi samt fraktaler inom matematiken, däremot känner jag inte till några resultat med bäring på biologisk information i DNA.

Till skillnad från område 1 är resultaten inom område 2 är oerhört omfattande och ofta mycket komplexa. Som den här debatten har visat finns det också stort utrymme för tolkningar. Där gör jag och Erkell (mer generellt: ID-anhängare/kreationister och evolutionister) diametralt olika tolkningar av huruvida resultaten inom diverse områden är rika eller magra. En objektiv bedömning av detta låter sig dessvärre svårligen göras, eftersom de båda lägren har helt olika måttstock för vad som är rikt eller magert inom områden som prebiotisk kemi (livets uppkomst), proteinkemi, paleontologi etc, och ofta inte ens kan enas om centrala begrepp som realistiska abiotiska förhållanden, konstruktiv mutation, biologisk information, statistisk relevans, biologisk innovation och åtskilliga andra.

Detta är orsaker till att debatten dragit ut på tiden och att den sällan lett till någon konsensus.

Debatten har försvårats av att Erkell (och ett ID-fobiskt vetenskapssamfund i stort) krampaktigt klamrar sig fast vid sin allt överskuggande käpphäst att ID inte är vetenskap utan ett åberopande av kunskapsluckornas gud. Det tolkningsfiltret blir till ett brytningsfel som effektivt förhindrar en konstruktiv diskussion.

Om mullvadsanalogin
Erkell vill ha tio andra processer än mullvadar som kan resultera i konformade högar av jord. Ok, de kan orsakas av jordekorrar, åkersorkar, paddor, tryffelsvin, murmeldjur, daggmaskar, 4-åriga pojkar, civilingenjörer i kemiteknik, pensionerade docenter och flygande tefat från yttre rymden.

Erkell:

”Liknande strukturer behöver inte ha liknande orsaker – det är pudelns kärna.”

Nejdå, men ofta har de det. Ett blad ur en roman och ett blad ur en biologibok är liknande strukturer och har en liknande orsak i form av en eller flera författare. Det som ger analogin kraft i det fallet är att båda består av ark av cellulosa med symboler i trycksvärta arrangerade på ett meningsfullt sätt.

Erkell:

”Och om det nu skulle finnas massor av materialistiska alternativ fungerar analogibeviset om möjligt ännu sämre.”

Det är ju just vad jag sagt om din mullvadshög. Men all vår erfarenhet säger oss att det ibland saknas en mångfald av materialistiska alternativ. Det existerar exempelvis ingen alternativ orsak till cellulosaark med skrivna symboler än - författare.

Erkell:

”Så kommer du med det märkliga argumentet att analogibevis skulle fungera i fall där det inte finns kända vetenskapliga förklaringar. Varför det?”

Varför inte? Vetenskapen har inte svar på alla frågor och måste inte heller med nödvändighet ha det, trots att man ofta når långt med den metodologiska materialismen som arbetsmetod.

Om fladdermöss
Plasticiteten hos levande organismer är stor. Antalet alleler i populationer är många, och nya uppkommer ständigt genom t ex överkorsning och horisontell genöverföring. Epigenetiska faktorer ökar variationspotentialen ytterligare. Men det är inte frågan om någon fri lunch. Någon gång måste genetisk information – hur svår den än är att kvantifiera – uppstå. Kvalitativt helt nya egenskaper. Parallellen med uppkomsten av ”nya” enzymer är tydlig: Om det redan finns egenskaper (motsvarande viss rudimentär aktivitet för ett visst substrat) på plats så kan olika faktorer, inte minst selektion, medverka till att de renodlas. Hypotetiskt är därför det scenario du målar upp för fladdermusen möjligt, men jag är tämligen säker på att det inte gått till så i praktiken. Det är nämligen här vi närmar oss pudelns kärna, som du brukar tala om. Det är en utopi att tänka sig ett urenzym som i sig hade aktivitet på hundratusentals olika substanser och sedan bara har renodlat dem. Liksom ett urdjur med hundratusentals rudimentära egenskaper som sedan renodlas och resulterar i blåvalar och lingon och allt däremellan. Någon gång, någonstans måste unika egenskaper ha uppstått från scratch. Svaret på hur det skulle ha gått till finns inte idag.

Och apråpå fladdermöss kan du ju passa på att ge en trovärdig evolutionär förklaring till hur det kan komma sig att tandvalar och fladdermöss har åtminstone 200 gemensamma gener som kodar för deras respektive ekolokalisationssystem? ^[7]Har delfinen och fladdermusen månne haft en gemensam, landlevande, fyrfota förfader med ekolokalisationssystem? Eller skulle de två systemen ha utvecklats genom konvergent evolution genom slumpmässiga processer helt oberoende av varandra?

Om pingviner
Erkells argumentation bygger helt och hållet på att likheter i DNA innebär fylogenetiskt släktskap. Det är en fullt tänkbar förklaring, och i praktiken den enda förklaringen inom en materialistisk ram. Det är den enda ram du erkänner som vetenskapligt relevant. Det är en slutsats som bygger på en försanthållen evolution som utgångspunkt.

Min ram tillåter likheter på grund av att Designern är en, och att Han använde sig av generella grundprinciper i skapelsen. Det är också en fullt tänkbar förklaring, och det är både en slutsats baserad på hur världen ser ut och samtidigt en utgångspunkt.

Så tillvida är vår respektive argumentation lika relevant eller irrelevant. Helt enkelt två likvärdiga utsagor utifrån två skilda synsätt.

Erkell:

”Hur kan du veta att inte fåglar och pingviner tillhör samma skapade slag? Det kan du inte”.

Det stämmer, men det är ytterst osannolikt. Inom skapelseforskningen används bl a hybridiseringsdata för att dra den typen av slutsatser, och det finns mig veterligen inga data som antyder någonting sådant.

Erkell:

”Den bittra sanningen är alltså att du inte har någon alternativ modell eller förklaring. Det enda du kan göra är att förneka att evolutionära förklaringar håller. Och det förnekandet är bara ett försanthållande som är gripet ur luften.”

I mitt femte och, trodde jag då, avslutande svar i tråden Molekylära maskiner frågade du varför jag ställer olika krav på vad evolutionister och ID-kollegor ska kunna förklara. Mitt svar då är samma som mitt svar nu:

”Anledningen till detta är att de två modellerna inte har samma förklaringsanspråk. Jag skulle snarare formulera saken så här: Med tanke på evolutionismens universella anspråk på att förklara uppkomsten av alla jordens livsformer borde man rimligtvis kunna förvänta sig åtminstone någon beskriven, verklighetsförankrad mekanism för uppkomsten av en cellorganell eller cell eller primitiv varelse (utöver mantrat "genom mutationer och selektion under miljoner år"). Det är en högst relevant begäran. Du kan ju börja med ett litet cilium åtminstone, det hade räckt för min del.

Det jag begär av mina ID-vänner är inte knutet till själva skapelseakten (just därför att ID drar slutsatsen att den skett genom en intelligent akt, omöjlig att förklara med materialistiska förklaringsmodeller), utan till de tecken på design som finns på plats i celler och organismer och som är möjliga att beskriva, tolka och extrapolera utifrån. På det området händer mycket spännande.”

Om fossil
Erkell undrar vilka organismer jag refererar till när jag skrev att de dyker upp plötsligt för att sedan förbli i princip oförändrade tills de eventuellt förvinner ur fossilkrönikan. Men det behöver inte exemplifieras eftersom det är den generella trend i fossilen som framlidne Harvardprofessorn Stephen Jay Gould syftade på när han på 80-talet lade fram sin teori om avbruten jämvikt tillsammans med Niles Eldredge:

”The extreme rarity of transitional forms in the fossil record persists as the trade secret of paleontology. The evolutionary trees that adorn our textbooks have data only at the tips and nodes of their branches; the rest is inference, however reasonable, not the evidence of fossils.

Stephen Jay Gould, 1986

”Det anses troligt att samtliga djurstammar blev välavgränsade före eller under Kambrium, för de uppträder alla fullt utvecklade, utan övergångar som förbinder en form med en annan”

Douglas Futuyma, 1986

Erkell tycker det är ”lustigt” att jag skrev att fossilen förblir praktiskt taget oförändrade upp genom berglagren. Varför det? Det är självklart att fossiler långt ner i de sedimentära berglagren begravdes i ett tidigare skede än de som finns högre upp.

De sedimentära berglagren vittnar om katastrofiska bildningsförhållanden som inte alls harmonierar med de svindlande sedimentationstider som uniformismen förutsätter.

Observationer av den ordning i vilken ryggradsdjuren uppträder i de fossila lagren låg till grund för evolutionsteorins berättelse om deras uppkomst. Därför kan deras distribution omöjligen utgöra någon entydig bekräftelse på evolutionsteorin. Deras distribution är en observation som kräver en förklaring. Evolutionsteorin är en sådan förklaring. Enligt modern biblisk skapelseteori speglar fossilens distribution inte olika epoker i jordens historia, utan olika skeden i den globala översvämningen, olika geografiska och biogeografiska omständigheter, olika mobilitet och ett antal andra faktorer.

Båda teorierna möter utmaningar i fossilernas arkiv. Evolutionsteorin har att brottas med den systematiska frånvaron av mellanformer och tillgriper idéer som avbruten jämvikt, ungefär som problem i Big Bang-teorin (bort)förklaras med hypotetisk mörk materia och energi. Skapelseteorin har utmaningar i t ex att det statistiskt sett borde finnas fler moderna organismer i djupare berglager.

Underartsbildning sker ofta så snabbt att darwinistiska mekanismer är uteslutna som bakomliggande mekanism. Det förefaller som om levande organismer är förprogrammerade till mångfald. I den mån denna nedärvda förmåga ska benämnas mikroevolution är detta ett helt okontroversiellt begrepp. Påståendet att jag skulle förneka det är helt taget ur luften.

Efter den globala översvämningen skedde en snabb ökning av den biologiska variationen inom ramen för de skapade grundtyperna, något man skulle kunna karakterisera som en ”horisontell evolution”,

Om rhodopsin
Erkell:

”Du skriver ’Som du kanske läste i mitt förra svar utgick jag från att det låg empiriska mutationsförsök bakom påståendet att en enda utbytt aminosyra resulterat i förmågan att binda retinaldehyd i fotoreceptorerna’. Visst finns det mutationsförsök som visar det – se här. Man visar där att den kovalenta bindningen mellan retinal och lysin-296 (den aminosyra det gäller) i opsinmolekylen är nödvändig för att den fotoexciterade retinalmolekylen skall kunna aktivera opsinet.

Du verkar inte vilja eller kunna förstå vad min kritik handlar om. Som jag försökt förklara i tid och otid och på ett flertal olika vis: det är inte ett dugg oväntat att en enda utbytt aminosyra kan förstöra den vitala funktionen hos ett protein (som i det här fallet förmågan att initiera en nervimpuls genom belysning). Det är precis lika uppseendeväckande som att en enda felaktig komponent kan få en maskin haverera eller att en liten bugg kan få en dator att krascha. Eller på enkelt bonnamål: ”Liten tuva stjälper ofta stort lass”. Den sortens effekter är förväntade utfall, till skillnad från motsatsen som skulle innebära att maskiner, datorer och intrikata proteinfunktioner skulle kunde skapas genom trial-and-error-procedurer.

Det här är ett universellt förekommande fenomen, och den vetenskapliga litteraturen är formligen impregnerad med den sortens evidens. Detsamma gäller din dators programvaror. Du kan byta ut vissa symboler i programvaran utan att det märks någon effekt, samtidigt som det finns symboler som får programmet att sluta fungera om du byter ut dem.

Den ursprungliga artikeln Erkell refererar till ^[8] är ett skolexempel på hur evolutionister målar upp trosfriska evolutionära scenarier baserade på evolutionära tolkningar av biokemiska likheter. Evolutionister saknar förmåga att genomskåda detta uppenbara cirkelresonemang eftersom de inte erkänner någon annan tolkningsmöjlighet av biologiska likheter än just evolution. Min analys är att det handlar om ett kroniskt synfältsbortfall förorsakat av en existentiellt motiverad övertro på den metodologiska materialismen.

Erkell:

”Hursomhelst, du invänder att sannolikheten för en punktmutation i en gen som kodar för ett enzym är ’försvinnande liten’.”

”Det var sensationellt – skulle mutationen ’veta’ vilket resultat den skulle få i det färdiga enzymet?”

Helt absurda påståenden, men tyvärr är det signifikativt för Erkells argumentationsteknik att tillverka halmgubbar som han sedan angriper.

Erkells sannolikhetsberäkning – den sorts argument som Erkell ständigt avvisar när det inte gynnar hans sak – bygger på helt tokig grund. Låt mig visa anledningen med hjälp av en analogi (som Erkell säkert kommer att avfärda just för att det är en analogi):

Antag att vi har ett applikationsprogram i en dator bestående av ett antal miljoner ettor och nollor. En ingenjör upptäcker att man kan ändra tämligen många ettor till nollor och vice versa i programkoden utan att det tycks påverka programmets prestanda. Men han upptäcker också att om han byter ett ”<” till ett ”>” så vill programmet inte längre starta. Ingenjören drar den i hans tycke geniala slutsatsen att applikationsprogrammet blivit till genom slumpmässiga förändringar av symboler i en automatisk process i ett system där något han kallar ”funktionella” förändringar av symboler har behållits medan andra förkastats. Han sätter sig nu ner och beräknar sannolikheten för att programmet erhöll just den symbol ”<” som gav det dess funktion. Han gör beräkningen genom att ta reda på hur många symboler det finns att tillgå och uppskattar antalet till 100. Chansen är, resonerar han, alltså 1% att en rent slumpmässig tangentnedtryckning skulle kunna generera det aktuella applikationsprogrammet. Med tanke på att en flock schimpanser kan generera betydligt fler tangentnedtryckningar än så, lutar han sig tillbaka och konstaterar att det var just så det måste ha gått till. Givetvis kan de inte ha konstruerat hela programmet från scratch, tänker han, men det har säkert tidigare schimpansgenerationer åstadkommit på samma sätt. För hur skulle det annars ha blivit till? Ty intelligenta programmerare betraktar han som en fantasifull utopi.

Om proteiners sannolikhet
Erkell:

”Av detta ser man att kvoten fungerande till icke-fungerande sekvenser ökar brant med sekvensens längd.”

Fel, fel. Det är precis tvärt om, vilket du också tycks inse om man läser fortsättningen. Skälet är lika förvånande som att det är svindlande mindre sannolikt att ”bara slå sexor” om du använder 20 tärningar i stället för om du använder två.

Angående Reidhaar-Olsons arbete skriver Erkell:

”Författarna skalade upp det här förhållandet till en sekvens av 92 aminosyror, och fick resultatet 1/10^63. I ditt tidigare svar hänvisar du till Douglas Axe och citerar siffran 1/10^74 på kvoten för fungerande till icke-fungerande sekvenser vid en sekvens med 150 aminosyrarester. Självklart – den här sekvensen är ju ännu längre.”

Jag förstår inte Erkells invändning - författarnas slutsatser är ju exakt vad jag återgav. Trots den variabilitet som tillåts i ett protein utan att dess funktion går förlorad är chansen svindlande 10^-63.

Douglas Axe’s resultat är förhållandevis blygsamt i relation till Sauer/Reidhaar-Olson. Om Axe helt enkelt hade skalat upp deras försök till ett protein med 150 aminosyrarester hade deras resultat varit tiotals potenser lägre än de 10^-74. Anledningen är att Axe inte fokuserade på någon specifik proteinfunktion, utan bara mot att erhålla en stabil proteinstruktur i största allmänhet, vilket är grundförutsättningen för att ett protein skall kunna äga en funktion över huvud taget. Detta har jag tidigare noga påtalat, men Erkell tycks ha ”missat” det.

”Andra studier kommer till helt andra resultat” skriver Erkell och citerar Keefe/Szostak och Simmons et al. Jag bemöter deras anspråk under i mitt svar under tråden ”Om proteiner och nya funktioner”, men svarar även här för enkelhets skull.

Det är viktigt för båda parter att granska anledningen till att Keefe och Szostak kommer fram till en så astronomiskt mycket högre sannolikhet för att hitta stabila proteinstrukturer än Axe gör.

Till att börja med ligger den kanske största svårigheten redan i definitionen av vad som ska definieras som en stabil struktur. Både SCOP- och CATH-klassificeringssystemen definierar struktur som en specifik tredimensionell konfiguration. Redan här kan vi konstatera att polypeptiderna i det här fallet inte uppfyller de villkoren.

Ett nytillverkat protein i den levande världen har som regel en ”förprogrammering” i den så kallade primärstrukturen som medför att den själv (eller med hjälp av speciella cellstrukturer som kallas chaperoner) finner sitt mål i form av ett stabilt grundtillstånd som också är dess funktionella form inom någon tiotusendels sekund. I detta tillstånd har det som regel struktur både på sekundär, tertiär och ibland även kvartär nivå (när det ingår i ett proteinkomplex som t e x bygger upp en ”molekylär maskin”. Den som vill få en glimt av hur sinnrik redan proteinveckningsmekanismen är hos biologiskt aktiva proteiner kan läsa om det på Wikipedia ^[9]. Först därefter kan det utföra sin specifika funktion i cellen.

Den sekundärstruktur som författarna påträffade hos de muterade polypeptiderna (korta proteiner) återfanns inte vid normal temperatur utan först vid -183 C, vilket naturligtvis är en temperatur som är helt irrelevant för livets processer. Dessutom var den alltid beroende av närvaro av zinkjoner och ATP-molekyler, som båda är laddade partiklar som attraherar aminosyraresternas sidogrupper vilket i sin tur kan skapa ett ”sken” av struktur. Mot den bakgrunden är det inte märkligt att det inte heller fanns något som tydde på att polypeptiderna hade någon högre nivå av struktur. Författarna skriver också: “Given the unusual CD spectra indicating the absence of significant alpha helix or beta strand contribution we decided to investigate ….” ^[10]

Erkell:

”Författarna … lyckades isolera ett antal ATP-bindande sekvenser varav en evolverades till ett fungerande ATPas.”

Forskarna hällde en blandning av polypeptider (korta proteinmolekyler) med slumpartad sammansättning genom en kolonn med fastsittande ATP-molekyler. De polypeptider som hade aminosyrarester med sidokedjor med ATP-affinitet fastnade i kolonnen och resten passerade rakt igenom.

Liksom andra organiska molekyler kan ATP-molekylen attrahera angränsande molekyler. ATP-molekylen gör det genom att bilda vätebindningar såväl med sin aminodel, hydroxyldel och sina fosfatgrupper och via Van der Waals-bindningar till den platta aromatiska adenindelen. Molekylen är negativt laddad och binder gärna till de basiska aminosyraresterna. I ljuset av detta är det kemiskt förväntat att en andel av polypeptiderna binder till ATP. Det krävs med andra ord ingen stabil struktur hos peptiden för det.
Vad som orsakade hydrolysen av ATP i ett fall är nog inte klarlagt. Man vet att närvaro av zinkjoner kan fungera som katalysator. ^[11] Att det inte handlar om någon traditionell enzymaktivitet får nog anses uppenbart, eftersom den frigjorda energin inte användes till något konstruktivt, vilket alltid är fallet när ATP spjälkas i en cell. Man kan därför säga att polypeptiden förstörde en viktig energikälla i stället för att nyttja den.

Man vet idag ganska väl vad som behövs för att åstadkomma en äkta stabil sekundärstruktur hos proteiner. Det är känt sedan länge ^{[12], [13]}att det krävs en periodicitet med avseende på polära och opolära sidokedjor hos de ingående aminosyraresterna.

I praktiken behöver var tredje aminosyra vara endera polär (vattenvänlig) eller opolär (vattenavvisande) längs hela proteinavsnittet för att det ska bli en stabil sekundärstruktur. Nio av de tjugo aminosyrorna är opolära.

Om vi utgår från ett protein bestående av 80 aminosyror (ett medelstort protein består av ca 300) kommer alltså en tredjedel av dem (27) att behöva vara antingen polära eller opolära. Låt oss säga det senare. Då blir sannolikheten att vi får en alfastruktur (9/20)²⁷ = 10^–10, vilket stämmer ganska bra med forskarnas resultat, så när som på en faktor 10.

Men det betyder för ett medelstort protein att den stabila andelen proteiner är (9/20)¹⁰⁰ = 10^–35
Det är inga goda odds.

Angående din referens till Simmons et al.:

“De skriver: Our characterization of a synthetic protein that derives entirely from random-sequence origin demonstrates that design-free methods can be used to generate proteins with novel functions. De här resultaten hade varit helt omöjliga att få om den siffra på 1/1074 för kvoten för fungerande till icke-fungerande sekvenser Göran Schmidt citerar hade varit korrekt.”

- Vaddå designfri? – hela försöket är ett i högsta grad intelligent designat försök med syftet målinriktad selektion.

- Vaddå nya funktioner?

- Vaddå omöjliga att få? De är helt förväntade utifrån kända kemiska principer.

Erkell:

Men de här siffrorna är ändå irrelevanta i sammanhanget. De skulle bara utgöra argument mot evolutionsteorin om det vore så att enzymer bestående av hundratals aminosyror skulle ha uppstått färdiga, på en gång, rent slumpartat. Då – och bara då – skulle alla kombinationer vara möjliga. Det finns vad jag vet ingen forskare som tror att det har gått till på det sättet.

Erkell är säkert en klok person, men i det här fallet helt ute och cyklar. Heltokig slutsats. Försöken visar hur extremt osannolikt det är att ens hitta ett enda steg i evolutionsprocessen!

Erkell:

Vad man tänker sig är … de kan ha varit … Peptiderna kan också … Huvudsaken är att de haft en selekterbar enzymatisk aktivitet. Då kan de ha evolverat … Vi vet självklart inte om… men det finns inget orimligt i ett sådant scenario.

Det må vara en sak att förhoppningen om de små stegens magiska förmåga att skapa människor och morötter är förhärskande bland evolutionsbiologer. Den förhoppningen har åtminstone någon form av evidensbakgrund, även om den bygger på vidlyftiga extrapolationer av de genetiska och epigenetiska mekanismer som medger levande organismers anpassningsförmåga till förändrade miljöbetingelser.

Men när man som Erkell försöker tillämpa samma steg-för-steg-magi på livlösa kemikalier så är frikopplingen från verkligheten total. Det finns inga kända kemiska eller fysikaliska lagar eller principer som skulle medge något sådant. I kemins värld är selektion ett icke-fenomen. Partiklar konkurrerar inte med varandra, de följer kemins och termodynamikens strikta lagar.

Så när Erkell skriver att ”…det finns inget orimligt i ett sådant scenario”, så är detta ett uttryck som inte har någon annan reell substans än hans eget subjektiva tyckande och tro. Eftersom ordet ”orimlighet” bygger på sannolikheter är det uppenbart att han ser det som sannolikt att proteiner och nukleinsyror och en levande cell spontant kan uppstå genom självorganisation. Låt oss vänta ett sekel och se om den metodologiska materialismen kan stödja den tesen.

Erkell tar inte helt oväntat det kortaste kända enzymet med 62 aminosyrarester som stöd för sin tes att små enzymer genom en gradvis evolution gett upphov till alltmer komplexa enzymer. Men det är naturligtvis inget argument över huvud taget. Det hade det möjligen kunnat vara om det fanns empirisk evidens för att ett enzym med 62 aminosyrarester skulle kunna bildas prebiotiskt. Men icke sa Nicke. Nu råkar alla jordens livsformer, allt från mikrober till människor vara helt beroende av exempelvis enzymet ATP:as för sin existens, som består av över tusen aminosyrarester (hos kossor 1 560 fördelade på 5 pusselbitar som passar som hand i handske). Men i Erkells värld är det bevis nog att eftersom det finns både baciller och älgar i skogen, så följer med nödvändighet att baciller utvecklades till älgar. Nej, herr Erkell, det krävs mer evidens än så.

Erkell efterlyser referenser på att de funktionella öarna av proteiner verkligen ligger oerhört långt ifrån varandra i en ocean av icke-funktion. Här är fem sådana studier^[14] som alla placerar sannolikheten för uppkomsten av en stabil proteinstruktur någonstans i intervallet <10^-100 - 10^-63, alltså i grova tal som oddsen att hitta en bestämd atom i vår egen galax Vintergatan.

Det är empiriskt belagt att ett enzym kan mutera så att det blir aktivt på ett nytt substrat. Men bara under en viktig förutsättning, nämligen att enzymet i fråga redan från början har en svag aktivitet på det nya substratet. När denna typ av försök presenteras i litteraturen sker det som regel under rubriker som ”Evolution av en ny funktion hos enzymet X”, men läser man rapporterna med en gnutta kritiska ögon upptäcker man snart att det praktiskt taget undantagslöst förhåller sig så. Det är belägg nog.

Världen väntar fortfarande på ett exempel på punktmutationer som ger upphov en helt ny struktur som resulterar i en genuint ny typ av reaktion/funktion, d v s ett hopp från en ögrupp till en annan. Teoretiskt sett, mot astronomiska odds, är det inte fullständigt uteslutet, men en evolutionsteori som inte tangerar ”the real world” är inte värd att tas på allvar. Och Douglas Axe och många med honom. har alltså presenterat evidens för att väntetiden är astronomisk.

Erkell hänvisar till Andreas Wagner som menar att sekvensrymden (alltså mängden av alla tänkbara aminosyrasekvenser) inte alls är en ocean av icke-funktion utan snarare en ocean genomkorsad av ett nätverk av tänkbara stenar för evolutionen att hoppa på till nya funktionella öar.

Problemet är för det första att Wagner inte bygger sin uppfattning på experiment utan på en extremt förenklad bild av verkligheten i form av en datorsimulering där han behandlade tarmbakteriens (E. coli) metabolism som ett nätverk av flyttbara diskreta enheter (t ex enzymer). På det viset menar han sig ha visat att en bakterie som berövas en kolkälla kan hitta nya alternativa sådana Att radera ett enzym från en sådan simulering och konstatera att det finns alternativa reaktionsvägar är en helt annan sak än att göra det i en E. coli i den verkliga världen.

För det andra - även om något motsvarande verkligen genomfördes med framgång i en levande tarmbakterie så återstår det att visa att det inte förklaras av den förprogrammerade redundans/robusthet som kännetecknar levande organismer.

Wagners resultat har därför ingenting med frågan om proteiners stabilitet att göra. Det finns idag ingen vetenskaplig evidens som rubbar scenariot av en ocean av icke-funktionalitet/bortselektion mellan olika funktionella proteiner. Det Wagner visat är hur motståndskraftigt cellens metaboliska nätverk är mot förluster av funktioner. Men definitivt inte hur det slumpmässigt kan erhålla någon ny funktion som inte redan existerade. Man utgick från ett robust system rikt på olika funktioner, plockade successivt bort funktion efter funktion och fann att systemet fortfarande kunde fungera.

Läser man lite om Wagners syn på tingen blir det uppenbart att han är Platonist^[15]. Hur den synen går ihop med neodarwinismen är en gåta.

Informationen igen...
Och så den eviga informationsfrågan som Erkell till varje pris försöker bortdefiniera. Nu utifrån strategin att vad kreationster säger måste vara fel by definition.

Erkell vägrar inse att analogin mellan programkod och livets information är i högsta grad på vetenskapens agenda. Den tekniska och naturvetenskapliga litteraturen, inte minst inom området bioinformatik ^[16]borde överbevisa den som eventuellt fortfarande skulle tvivla. även forskare som inte arbetar inom ID-projektet, bl a Szostak, har börjat inse vikten av att kunna beräkna den funktionella informationen, ^{[17], [18]}. Lee Spetner har svar på kritiken ^[19].

Erkell:

”Faktum kvarstår: mutationer av enzym kan leda till en förändrad funktion.”

Jag har på andra ställen bemött Erkells påstående i detalj och visat att det är sant bara i så begränsad bemärkelse att det är irrelevant för ursprungsfrågan. De exempel han anför kan i vissa fall ha viss relevans för mikroorganismer under extrema miljöförhållanden, men alltid till priset av förluster i specificitet (information) eller genetiskt material eller bådadera. Av sådant bygger man inte biokomplexitet och biodiversitet.

Att det var vetenskapsredaktionen på National Geografic som bär ansvar för Archaeoraptorfalsariet 1999 stämmer. Men jag har heller aldrig påstått någonting annat. Vad jag däremot skrev, och som jag vidhåller, är att man bör ha ett kritiskt öga inte bara på vad ID-förespråkare publicerar, utan även nitiska evolutionister. Min tveksamma magkänsla vad gäller befjädrade dinosaurier kvarstår, men som sagt – vi får avvakta och se.

Erkell måste givetvis generalisera som vanligt. Evolutionskritik innebär vetenskapsfientlighet. Ja, ja, den gamla vanliga visan.

Till sist...
Lars Johan Erkell och jag drar olika slutsatser av nuvarande forskningsläge inom proteinkemin. Han anser att ”förändringarna var möjliga, rent av rimliga”. Jag menar att det inte är det slag av förändringar som man skulle förvänta sig om mutationer och selektion är den skapande process som lett fram till dagens organismvärld med dess meningsfulla komplexitet på alla livets nivåer.

Vad gäller fladdermusens ekolokalisation handlar min kritik inte bara om bristen på fossila evidens, utan huvudsakligen om att jag ifrågasätter Erkells tes att principen ”mer av samma” kan bygga så intrikata strukturer som ekolokalisationssystemet. Jag anser kritiken befogad utifrån mutationers överlag destruktiva effekter på proteiners funktion. Jag förnekar inte att det evolutionister benämner ”mikroevolutionära förändringar” kan innebära ökad fitness för en organism i samband med en miljöförändring, men förändringarna som sådana är inte uppbyggande till sin karaktär, vilket är en förutsättning för bygget av ekolokalisation. Spekulation i vetenskaplig förklädnad gör mer skada än nytta.

Om jag hade funnit att evolutionens mekanismer hållit för en kritisk granskning, att fossilen gav skäl till det och att biologiska likheter endast kan tolkas i termer av fylogenetiskt släktskap så hade jag säkert delat Erkells syn att pingviner evolverat från flygande fåglar och valar från kossor eller flodhästar. För vad skulle vara bekvämare för mig än att säga: ”Gud skapade genom evolution” och att Första Moseboken måste tolkas allegoriskt? Men hur skulle jag kunna säga det när evidensen inte stöder den synen?

Den som närmar sig ursprungsfrågan utan ett kritiskt förhållningssätt kommer att köpa den evolutionära berättelsen med hull och hår och utan invändningar och kommer aldrig att inse hur bräcklig den evolutionära tankebyggnaden de facto är. Den som uttrycker kritik mot de spekulativa evolutionära scenarierna får finna sig i att kallas fiende till all vetenskap. Men det är det värt, eftersom vi är många som anser att sanningen är viktigare än bekvämligheten.

Erkell anser att jag avfärdar hans argument med berghönors flaxande i uppförsbackar utan motivering, men sanningen är att han bara missar poängen. Vore det så att Erkells enda syfte med exemplet var att illustrera att flaxandet kan vara ändamålsenligt så – fine. Då kanske jag överreagerade. Men evolutionens tillskyndare gör inte sällan en rationellt obefogad koppling mellan nu existerande biologiska strukturer och forntidens hypotetiska mellanformer, som om de förra bevisar existensen av de senare. Ett klassiskt exempel är sekvensen med olika existerande ögonkonstruktioner från Euglenans ”primitiva” ögonfläck till däggdjursögat, som givetvis inte har något bevisvärde med avseende på ögats evolution, men som brukar framställas så. En skolelev som inte lärt sig – eller tillåtits – förhålla sig kritiskt undervisningen kommer naturligtvis att ta det som sanning.

Till sist, min invändning mot ”det faktum att en kemoreceptor efter bara en mutation kan fungera som fotoreceptor” har jag avhandlat ovan, så det behöver ingen ytterligare utläggning. Att Erkell anser kritiken relevant förändrar ingenting i sak.

Huruvida jag formulerar mig bra eller dåligt i den här debatten är irrelevant. Det är evidensen det handlar om. Vem av oss som har rätt i den ena eller andra sakfrågan kommer förmodligen att visa sig framgent. Då kan innehållet i den här debatten komma att visa sig ha ett historiskt värde trots att det sista den präglades av var konsensus.

Fotnoter

[7]  Pennisi, E.,”Bats and dolphins evolved echolocation in same way”, news.sciencemag.org, 4 September 2013.    [Tillbaka till texten]

[8]  http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1350946213000402   [Tillbaka till texten]

[9]  https://sv.wikipedia.org/wiki/Proteinveckning   [Tillbaka till texten]

[10]  Chaput, J.C. and Szostak, J.W., Evolutionary optimization of a nonbiological ATP binding protein for improved folding stability, Chemistry & Biology 11:865–874, 2004., p. 871    [Tillbaka till texten]

[11]  http://www.nrcresearchpress.com/doi/abs/10.1139/v04-003#.WMHSHzs19PY    [Tillbaka till texten]

[12]  Kamtekar, S., Schiffer, J.M., Xiong, H., Babik, J.M. and Hecht, M.H., Protein design by binary patterning of polar and nonpolar amino acids, Science 262:1680–1685, 1993)    [Tillbaka till texten]

[13]  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC41515/    [Tillbaka till texten]

[14]  1. Kirk K. Durston et al, ”Measuring the Functional Sequence Complexity in Biopolymers”, Theoretical Biology and Medical Modelling 4 (2007): 47
2. Reidhaar-Olson och Sauer, "Functionally Acceptable Substitutions in Two Alpha-Helical Regions of Lambda Repressor”, Proteins: Structure, Function and Genetics 7 (1990): 306-16
3. S.V. Taylor et al, ”Searching Sequence Space for Protein Catalysts”, Proceedings of the National Academy of Sciences USA 98(2001): 10596-10601
4. Hubert P. Yockey, “A Calculation of the Probability of Spontaneous Biogenesis by Information Theory”, Journal of Theoretical Biology 67, Nr 3 (1977) 377-398
5. Axe, ”Estimating the Prevalence of Protein Sequences”, Journal of Molecular Biology, 341 (2004): 1295-315    [Tillbaka till texten]

[15]  https://aeon.co/essays/without-a-library-of-platonic-forms-evolution-couldn-t-work    [Tillbaka till texten]

[16]  http://static.usenix.org/publications/login/2004-12/pdfs/propagation.pdf    [Tillbaka till texten]

[17]  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17494745   [Tillbaka till texten]

[18]  (Hazen, R.M., Griffen, P.L., Carothers, J.M. & Szostak, J.W. (2007) 'Functional information and the emergence of biocomplexity', PNAS 104, 8574-8581    [Tillbaka till texten]

[19]  https://www.trueorigin.org/spetner2.php    [Tillbaka till texten]

<

---